農地法第３条許可が取り消される場合は次の２つです。（３条の２第２項）
- 農地等について賃貸借権等の設定を受けた者がその農地等を適正に利用していないと認められるにもかかわらず、所有者が賃貸借契約等を解除しない場合（２項１号）
- 農業委員会から農地等の賃借人等に対し、必要な措置を講ずるように勧告したにもかかわらず、賃借人がそれに従わなかった場合（２項２号）
以上の場合に農業委員会によって３条許可が取り消されてしまいます。
２項１号の場合 「農地等を適正に利用していない」とは
「農地等を適正に利用していない」とは、賃借されている農地が無断転用（違反転用）に当たる場合または耕作放棄地状態なっている場合などのことです。
例えば、農地の借主が勝手に農地に建物を建築することによって無断転用した場合や、耕作を全くしないで耕作放棄状態にした場合は、農地を適正に利用していないという判断をされてしまいます。また、農地に産業廃棄物を持ち込んだりする場合もこれに該当します。
２項２号の場合
農業委員会が農地の賃借人などに対して、相当の期限を定めて必要な措置を講ずべきことを勧告したのにもかかわらず、賃借人等がその勧告に従わなかった場合にも、３条許可が取り消されます。
例えば、病害虫の温床となる雑草の刈取りを怠り、周辺の作物に悪影響を与えている場合、または担当している水路の維持活動に参加せず、周辺農地の水利用に著しい被害を与えている場合などに、農業委員会から勧告を受ける可能性があります。
許可を取り消されるとどうなるのか？
農業委員会によって農地法第３条許可が取り消されると、許可はその効力を失います。したがって、賃貸借契約も効力が失われるということになります。
これまで農地を借りていた者は、農地を返却しなければなりません。
農業委員会の斡旋
許可が取り消された場合、農地等は所有者のもとに戻ってくることになりますが、そもそも所有者者の代わりに耕作させることを目的としてに農地を貸していたわけであって、今後、所有者の手によって適正な耕作が行われるかどうかは分かりません。
適切な営農を確保するために許可を取り消したはずが、取消し後も営農がなされないとすると、一体何のための取消しなのかという問題が生じます。
このリスクに対し農業委員会は、農地等の所有者に農地等の所有権移転（売買など）または使用収益権（貸し借り）の設定の斡旋などの措置を講じます。
